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白暨豚是很古老的動物，根據化石考證的結果，至少在4000萬年的中新世和上新世就已經存在，比大熊貓還要古老，是真正的“活化石”。與其他鯨類一樣，它原來也是陸地上的動物，由于環境變遷，再次回到水中。 

根據古生物學家們通過化石考證，白暨豚在第三紀中新世及上新世就已經出現在中國長江流域。1981年9月，中國地質學家在廣西桂平發現了一塊下頜骨化石片段。這件下頜骨化石屬于一種古老的白暨豚，稱為原白暨豚（Parapontoporia，亦稱太平劍吻鯨）。化石記錄著原白暨豚在大約2000多萬年前的古老性狀，與現今的白暨豚相比變化不大。白暨豚依然保留著不少原白暨豚的骨骼位置。白暨豚之所以進化緩慢，可能是因為過去的生存競爭或環境變化較少的緣故，從而保留了祖先的古老形狀，因此被稱為“活化石”、“水中大熊貓”。

1914年，美國野外博物學家查爾斯·麥考利·霍伊（Charles M. Hoy）在中國的洞庭湖地區收集到了一個白暨豚標本，將其帶回美國后，時任美國史密森尼學會（Smithsonian Institute）會長兼學者的加勒特·米勒（Garrett S. Miller）對其從形態學、解剖學，以及其骨骼、牙齒位置等進行研究。1918年，米勒在論文《來自中國的一個淡水豚新種》中確認白暨豚為一種獨特的新物種，并定下了拉丁語學名“Lipotes vexillifer”和英文名“Chinese river dolphin”（直譯為“中國江豚”）。白暨豚正式成為一種國際承認的新物種。