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對海龜影響最大的是漁撈活動，為拖網漁業。大型拖網業，在網底層加上鉛條航行，除了人類愛吃的高經濟價值漁種一網打盡之外，連棲息海底的蝦蟹、海中洄游的海龜都無一幸免。漁業活動混獲的情形，已經大量過度浪費海洋資源，許多生物死於非命，臺灣的綠海龜同樣也受此威脅。

綠海龜的成龜因體型碩大、背及腹甲堅硬且游泳速度迅速，因此，除了人類之外，幾乎沒有什么主要的天敵。雖然曾經有成龜失去一只鰭狀肢或是鰭肢的末端有被噬咬的傷痕，但這種類似被鯊魚或其他兇猛的動物如鱷魚等攻擊的狀況并不多見。但小綠海龜的天敵卻是非常多，在陸地有各種沙灘上的動物，如：家畜、沙蟹、浣熊、紅螞蟻、蛇、猛禽等都會對小龜進行攻擊，在海中則有各種肉食性的魚類如：鯊魚、旗魚等。由于缺乏足夠的防御的能力、小海龜的背殼還不夠堅硬、跑（游）的又不夠快，因此很容易成為這些天敵的美食，小綠海龜在第一年的死亡率很高，研究資料估計，小于千分之一的小綠海龜能夠長大為成龜。

在人為干擾方面，產卵棲地的破壞包括騷擾產卵母龜、不當挖掘龜卵、捕捉小海龜及不當的建設開發、挖取沙灘沙石移作他用、岸上燈光設置。騷擾產卵母綠海龜包括刻意的捕抓與無意的探訪干擾，尤其以不知情游客的沙灘活動居多，因此海龜生態教育與生態旅游對保育綠海龜非常重要。過多的干擾會使母龜無法產卵，并可能永遠放棄該產卵棲地；而不當挖掘龜卵、捕捉小綠海龜更是直接減少新生小龜數量，以上三因素都會使產卵棲地的綠海龜族群數量減少。

不當的建設開發、挖取沙灘沙石移作他用會使得沙灘變成礫灘，甚至消失。如此一來，母龜不但無處產卵，小海龜脫殼出后也會因爬不過礫石而曬死沙灘上。另外，岸上燈光設置，沙灘附近的路燈及或建筑物所發出的強光，會干擾憑借趨光性尋找海洋的稚龜，而找不到下海的路，過程中慘遭天敵的毒手或是曝尸道路上。

另外海洋的污染也會使得海龜感染疾病，殘留的釣魚線也可能纏繞海龜四肢或頭頸造成海龜的斷肢甚至死亡。以上這些人為的破壞，都嚴重降低海龜族群的存活率。 

2022年8月，象山韭山列島國家級自然保護區駐島監測員何既白在保護區中鐵墩嶼海域發現并拍攝到國家一級保護動物——綠海龜。